FAQs (frequently asked questions) nell'ordine con cui pervengono:

1) Quando l'efficienza di una PCR Real Time è inferiore al 100%, per esempio la fluorescenza (e quindi l'amplicone) decuplica in 6 cicli, ma l'efficienza è la stessa per tutte le reazioni (per intenderci la fase esponenziale della curva è comunque parallela) la quantificazione, sia assoluta che relativa, può essere effettuata comunque?

Se la PCR non e' efficiente, non si duplica ad ogni ciclo. Quindi, siccome i cicli x sono sempre quelli, la funzione esponenziale e' diversa da 2alla x, sara' 1.8 alla x, oppure 1.5 alla x, quindi anche l'eventuale 2 alla delta Ct non vale piu' come formula di calcolo.
Insomma, anche se il principio e' sempre lo stesso, occorrerebbe sapere il fattore di amplificazione se diverso da 2. Se e' vicino a 2 possiamo approssimare, ma se e' troppo distante no.

2) A lezione ha detto che le duplicazioni segmentali possono essere in tandem o no. Per quanto riguarda gli pseudogeni e gli pseudogeni processati? possono anch'essi essere in tandem?

La definizione di tandem e' abbastanza ambigua. In teoria, le sequenze ripetute in tandem sono quelle il cui motivo e' realmente ripetuto in continuita', senza altro DNA nel mezzo. Per esempio, come avviene per i micro-satelliti. Se parliamo di duplicazioni segmentali, esistono tutte le possibili situazioni immaginabili. E tra queste anche quella di vedere la duplicazione veramente in tandem, nel senso che i due blocchi sono contigui uno all'altro. Se la duplicazione porta dei geni (paraloghi o pseudogeni), i geni stessi possono essere considerati in tandem, anche se in apparenza c'e' del DNA interposto (ma e' quello della duplicazione segmentale). Gli pseudogeni processati tipicamente non sono ripetuti in tandem, dato il meccanismo ben diverso che genera questo tipo di duplicazione, rispetto alle duplicazioni segmentali.

3) Avendo conseguito la Laurea Triennale due settimane fa presso l'Ateneo di xxxxxi, ho potuto effettuare solo ora l'iscrizione dopo aver sostenuto un colloquio di ammissione in giorno 5 Novembre. La conferma dell'immatricolazione e relativa comunicazione della matricola mi è stata data solo oggi, pertanto non ho potuto iscrivermi prima al suo corso. Inoltre ho iniziato solo ieri a frequentare le lezioni essendomi trasferita solo qualche giorno fa a Pisa. Pertanto le chiedo se è possibile comunque frequentare il suo corso, anche se sono già a conoscenza che non potrò effettuare l'esame mediante prove in itinere.

Non faccio l'appello e quindi se ci sono persone nuove sedute a seguire non me ne accorgo.
Pero', dato che il mio e' un corso un po' particolare (nel senso che si richiede piu' di altri il seguire le lezioni) le suggerirei di cominciare per bene il prossimo anno. Incluso il discorso delle prove in itinere.

4) Volevo chiederle se il lavoro sui primers deve essere consegnato entro una settimana dal compitino, anche per chi ha intenzione di sostenere direttamente il compitone.

No, bastera' una settimana dopo il compitone. La coppia potra' essere ritirata durante il compitone stesso.

5) Volevo sapere se per i primers che ci ha assegnato, dobbiamo salvare i vari passaggi che facciamo, o scrivere solo il risultato? Ed, inoltre, volevo sapere se il compito lo possiamo inviare direttamente via e-mail oppure dobbiamo consegnarglielo di persona.

Basta 1 pagina con i risultati. Consegna in copia cartacea, di persona.

6) Sono una studentessa e le chiederei gentilmente se sia possibile che quando si inseriscono i primers in Genome Browser sia possibile che risulti una sequenza di mRNA

Se l'mRNA corrisponde al genomico e' possibile. Se per caso i primers fossero disegnati sulle giunzioni di splicing va scritto nella breve relazione.

7) Vorrei sapere cortesemente se anche le persone che effettuano l'esame come prova scritta unica devono avere la coppia di primers da analizzare come chi sostiene i compitini (e quindi consegnarla in settimana). Ho visto che sul suo sito non è specificato niente a riguardo.

La coppia di primers per i compitoni sara' consegnata direttamente nel compitone e svolta a casa entro 1 settimana di tempo.

8) Gentile professore, sono una studentessa del corso di biologia molecolare. Ho sostenuto e superato entrambi i compitini di analisi genetiche e genomiche,vorrei però anche sostenere la prova orale. E' possibile sostenerla durante l'appello di aprile?

Avete tutto l'anno solare per verbalizzare o sostenere prove orali (su appuntamento).

9) Gentile professore, sono xxxx, studentessa frequentante il corso di analisi genetiche e genomiche. Ho visto i compiti degli anni precedenti e ho letto molte domande riguardanti le generalità della pcr. Volevo chiederle se lei dà per scontato, in vista del prossimo compitino, le conoscenze riguardanti le condizioni di stringenza e altri parametri che non ha specificatamente detto a lezione. Glielo chiedo solo per una personale e migliore organizzazione del mio studio. Grazie.

Ogni anno il corso subisce delle mutazioni per cui potreste trovare argomenti nei compiti degli anni passati che non saranno riproposti negli esami dell'anno corrente. Non sarete inquisiti sulle cose non specificate nelle lezioni dell'anno corrente, a meno di diversa raccomandazione espressamente specificata.

10) Gent.mo Prof. siamo 4 ragazze che stiamo studiando per il compitino del 7 aprile, le si voleva chiedere 
 1. nell'esercizio di scegliere primers-sonde migliori, quando si ha un primer molto vicino alla sonda (quindi nello stesso esone, e nè l'uno nè l'altro sono 
a cavallo delle giunzioni) questo si può scegliere come "buono" o no?? Ci stiamo riferendo all'esercizio n°5 del compito del 9-9-2009
2. Per le famiglie geniche (geni duplicati) sono in tandem o no? Contengono geni (si devono considerare gli pseudogeni processati)?
Grazie mille per la sua disponibilità

Se ci sono le giunzioni, e' preferibile, ma non obbligatorio. Se ci sono piu' alternative conviene prendere le giunzioni, se non ci sono, si fa senza. La vicinanza con la sonda non e' un grosso problema se ci sono almeno 5-6 nucleotidi di distanza.

I geni possono duplicare perche' contenuti all'interno delle duplicazioni segmentali, quindi possono essere in tandem (se evolvono tramite crossing-over ineguale) oppure no (se evolvono tramite riarriangamenti cromosomici). Diverso e' il discorso per gli pseudogeni processati, che di fatto contengono geni (anche se inattivati), che di solito non sono in tandem.